基本

FootballManagerでは各能力値を0～20までの数値で表示している。
しかし、能力の成長のグラフを見て分かるとおり、単純に0～20の数値で計算されているわけではありません。
ドリブルの能力値が同じ15の選手でも14に近い選手と16に近い選手がいることもあります。 
また、利き足は皆等しく得意ですが、逆足の精度は個人差があります。 
この逆足の精度が高い選手は能力値が低くなり、低い選手は高くなります。 
よって、同じドリブルが15の選手でも逆足精度がとても弱いととても強いでは意味が変わります。 
そこを考慮せず、単純に能力値が高いというだけでチームを作ると弱かったりします。 
（特に新しく生成される架空選手は利き足がとても強い、逆足がとても弱いで見た目の能力値が高いが実際は下手、ということがあります。） 

能力値の種類（osaru殿より。編集wiki主）

能力値には大きく分けて三種類あります。

背景能力値（バックグラウンド能力値）
一次能力値（プライム能力値）
二次能力値（セカンダリー能力値）

の３つです。この３つは密接な関係にあり、例えるなら上から順に
家の土台→鉄骨→コンクリ（木材）
と言ったところでしょうか。

以下詳細

背景能力値

マッチエンジンがまず最初に参照する能力値です。
例えば、勝利意欲は選手が試合で努力する時間の長さを決定します。すべての行動の前にこの能力値が 参照され、アクティブかどうかがチェックされます。
(勝利意欲は試合開始時はアクティブではないが、試合終了が近付くにつれてアクティブになります。) 

一次能力値

他の能力値の成功率に関与する。これらはもっぱら二次能力値の成功率に影響するよう定義されたものです。
例えば、どこへパスを出すかの選択がプライム能力値の判断力によって決められるためこれがなければパス(二次能力値)はほとんど成功しません。 

二次能力値

常に一次能力値と結びついている能力値です。
これらはプレイの精度を表すものか、状況依存であるかのどちらかです。 

試合中の選手のすべてのプレイは一連の能力値の評価の結果であり、たいていは一つまたは複数の背景能力値の評価からスタートし、一つまたは複数の一次能力値、最後に一つまたは複数の二次能力値を評価します。

例：シンプルなショートパスの場合

背景能力値 → 創造性(一次) → 判断力(一次) → パス(二次)

まず、背景能力値がそもそもパスを出すかどうかを決定します。
創造性はその選手が知るプレイオプションの数を表します。
判断力はどのオプションを選択するかを決定します。
最後に、パスはその精度を決定します。 

例２：シュートを狙う場合

背景能力値 → 創造性(一次) → テクニック(一次) → 判断力(一次) → 冷静さ(二次) → 決定力(二次)

まず、チームワーク(背景能力値)がシュートがチームにとって最善かどうかを決定します。
勝利意欲(背景能力値)は、(諦めずに)シュートを打つべきかどうかを決定します。
創造性はその選手が知るプレイオプションの数を表します。
テクニックはその選手が実際に打てるシュートの種類を決定します。
判断力はどこを狙うかを決定します。
冷静さはプレッシャーのもとでのプレイのうまさを決定します。
最後に決定力はシュートの精度を決定します。 

まとめ

背景能力値はそもそもプレイを実行するかどうかを最初に決定する。 

集中力 - 起きていることに注意を払い、予測力や判断力を使えるか？
勝利意欲 - 自分のスキルを使う意欲がまだあるか、それともあきらめているか？
チームワーク - このプレイがチームのためになるのか、自分のためになるのか？
運動量 - 状況を作り出すのか、他の誰かが作るのを待つのか？

一次能力値はプレイの成功率を決定する。 

テクニック - このプレイを実行できるか、レパートリーに入っているか？
予測力 - 次の動きを予測できるか？
創造性 - プレイの選択肢を知っているか？
判断力 - このプレイをいつ、どこで、どのように実行するか？

他の能力値（二次能力値）は精度または状況依存の能力値である。

上記の考え方、設定は現実と同じです。
元バルセロナ下部組織監督のジョアン・ビラ氏曰く

サッカーで大切な要素は「ペルセプシオン（状況把握）、デシジョン（決定）、ヘクシオン（実行）」の3つ 
日本を含めた多くの国はヘクシオンばかりを練習していて、ヘクシオンをするために大切な
ペルセプシオン、デシジョンの練習をあまり行っていない